会计和代理记账公司的区别在那？

题主，会计和代理记账公司最简单的区别就是前者是自己员工，后者是委托代理记账业务。
一般选择代理记账公司初级财务会计业务的都是小型公司。
如果企业打算发展做强，是需要重视财务地位，通过财务数据分析公司经营状况，预测企业发展目标，这些工作最后是由企业自己招聘财务人员来提供，对于代理记账公司而言，合同外的需求是不受理的。

刚毕业去公司当会计助理还是去代理记账公司上班

都可以，才毕业工作经验缺乏，对专业知识实践也不是特别懂，所以可以去小公司做些跟会计有关的工作，等时间长了，业务能力熟练了，也有了相应的工作经验，日后想跳槽可以跳槽的。