咨询费应交什么税

营业税及附加，印花税，个人涉及个人所得税，企业还涉及企业所得税

税务局能开技术服务费或咨询费发票吗

可以开，营改增以后问题中提到的两个项目是在国税部门开具。

税务网上申报的VPDN软件要收费吗？

当然要收费，小规模纳税人一般是150元一年，一般纳税人是200元每年，去你申报当地的电信或网通交纳费用，他们负责代理收费，要求带上税务登记证、身份证、公章等相关资料。